由于有機(jī)肥給土壤帶來(lái)了大量的有機(jī)質(zhì)、養(yǎng)分及微生物，改善了土壤的物理性質(zhì)及生物化學(xué)性質(zhì)，尤其是有機(jī)肥給土壤增加的大量微生物群，對(duì)提高土壤肥力及增強(qiáng)植物抗病性有非常顯著的作用。

有機(jī)肥主要通過(guò)三種途徑減輕作物病害：

一是肥料中的功能性微生物生長(zhǎng)繁殖，在作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)形成優(yōu)勢(shì)種群，抑制其它有害微生物的生長(zhǎng)繁殖，甚至對(duì)部分有害病原菌產(chǎn)生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機(jī)會(huì)。尤其是一些拮抗菌和腐生菌數(shù)量的增加能夠有效的抑制病原菌，起到預(yù)防土壤病蟲(chóng)害的效果。

二是功能性微生物在生長(zhǎng)繁殖過(guò)程中向作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)分泌各種代謝產(chǎn)物，這些代謝產(chǎn)物能夠刺激作物生長(zhǎng)，提高作物抵抗不良環(huán)境的能力。

三是有機(jī)肥營(yíng)養(yǎng)元素全面，含有豐富的有機(jī)質(zhì)、氮磷鉀及微量元素，使作物植株生長(zhǎng)健壯，具有良好的株型和合理的群體，增強(qiáng)作物的抗病性，減少病害的發(fā)生。

       當(dāng)植物已經(jīng)受到病蟲(chóng)害侵染時(shí)，通過(guò)施用有機(jī)肥料，可以增強(qiáng)土壤中微生物的活性，使其中的大量有益菌與病原菌之間展開(kāi)激烈的營(yíng)養(yǎng)競(jìng)爭(zhēng)，而且有機(jī)肥料中會(huì)增加大量有益菌的種群數(shù)量，這樣一來(lái)就使得有益菌在與病原菌之間的斗爭(zhēng)中能夠占得有利地位，而且微生物還有助于土壤中難溶性磷鉀和微量元素的轉(zhuǎn)化和釋放，從而能夠有效抑制病原菌孢子的萌發(fā)，也就減輕了土壤病蟲(chóng)害傳播的進(jìn)一步發(fā)生。

       有些研究認(rèn)為，有機(jī)肥的浸提液能夠產(chǎn)生抑菌作用，主要機(jī)理是其中含有某些特定微生物產(chǎn)生的抗生素物質(zhì)，可以破壞病原菌菌絲細(xì)胞、厚垣孢子、卵孢子、孢子囊以及游動(dòng)孢子。有機(jī)肥料中的大量有益微生物能夠在病原菌菌絲上寄生，使病原菌的細(xì)胞破裂以致死亡，能夠很好的抑制土壤病原菌的繁殖。