“ 發(fā)酵”可分為“微生物生理學(xué)定義的發(fā)酵”和“工業(yè)發(fā)酵”，詞條“發(fā)酵工程”中的“發(fā)酵” 應(yīng)該是指“工業(yè)發(fā)酵”。工業(yè)生產(chǎn)是通過(guò)“工業(yè)發(fā)酵”來(lái)加工或制作產(chǎn)品，其對(duì)應(yīng)的加工或制 作工藝被稱為“發(fā)酵工藝”。為實(shí)現(xiàn)工業(yè)化生產(chǎn)，就必須解決發(fā)酵工藝的工業(yè)生產(chǎn)環(huán)境、設(shè)備 和過(guò)程控制的工程學(xué)問(wèn)題，因此，就有了“發(fā)酵工程”。

 

      發(fā)酵工程是解決按發(fā)酵工藝進(jìn)行工業(yè)化生產(chǎn)的工程學(xué)問(wèn)題的學(xué)科。發(fā)酵工程從工程學(xué) 的角度把實(shí)現(xiàn)發(fā)酵工藝的發(fā)酵工業(yè)過(guò)程分為菌種、發(fā)酵和提煉(包括廢水處理)等三個(gè)階段， 這三個(gè)階段都有各自的工程學(xué)問(wèn)題，一般分別把它們稱為發(fā)酵工程的上游、中游和下游 工程。